Gripandet kommer efter en rad bombhot mot amerikansk-judiska institutioner i år.
Myndigheterna namngav ännu inte den misstänkte men sade att han var 19 år gammal.
Utredningen har förts i flera länder. Bomhoten bestod av hotfulla telefonsamtal till allmänna platser och synagogor i USA, Nya Zeeland och Australien. Hoten ledde till panik och avbröt evenemang i flera organisationer, heter det i ett uttalande från den israeliska polisen.
19-åringen misstänks också för ett bombhot mot Delta Airlines i februari 2015, som ledde till en nödlandning.
Gripandet är inte det första i samband med hoten i USA. I början av denna månad grep FBI en tidigare journalist som misstänks stå bakom en del av bombhoten mot judiska samlingslokaler och institutioner runt om i USA.
Utrikes
23.3.2017
Judisk tonåring gripen i Israel för bombhot i USA
Israel grep på torsdagen en judisk tonåring som misstänks stå bakom dussintals antisemitiska bombhot i USA och andra länder. Ett av hoten riktade sig mot ett stort amerikanskt flygbolag.