Under ett partisammanträde samma dag sade Imamura att det var tur att katastrofen som inträffade 2011 drabbade landets nordöstra del.
– Om det hade inträffat nära huvudstadsregionen skulle skadorna ha varit ofantliga, sade Imamura.
En tsunami orsakad av en kraftig jordbävning under havet slog ner på Japans nordöstra kust i mars 2011.
Sammanlagt över 18 000 människor dog eller försvann på grund av katastrofen.
Japans stadsminister Shinzo Abe bad i efterskott om ursäkt för Imamuras "ytterst osakliga" kommentarer.
Utrikes
25.4.2017
Japansk minister avgår efter Fukushimakommentar
Masahiro Imamura, ministern med ansvar för Japans återuppbyggnad, förväntades på tisdagen lämna in sin avskedsanmälan efter det att hans uttalanden om Fukushimakatastrofen väckt förargelse.